Ortskommandantur en Wehrmachtskommandantur
Zodra de bezetting van Nederland een feit was kreeg Leiden een Ortskommandant. Dat was een militair, meestal een Hauptmann (kapitein), die belast was met de civiele aangelegenheden van het leger, zoals de vordering van en het gebruik van openbare gebouwen en woningen. De Ortskommandant van Leiden heeft op verschillende adressen gezeten. Direct na de capitulatie verbleef een zekere Ferdinand Bosch in hotel Den Burcht, maar al gauw werd een deel van het kantoorpand aan het Kort Rapenburg in gebruik genomen. Een tijd lang heeft de Kommandantur gebruik gemaakt van de panden Boerhaavelaan 4 en 6. Later in 1944 en in 1945 werd het pand aan het Rapenburg 65 gebruikt, dat tot de zomer van 1941 van de Verenging van Vrouwelijke Studenten was geweest.
Wehrmachtskommandantur
Nadat begin september 1944 de noodtoestand was uitgeroepen werd de rol van de Wehrmacht dominant. Waarschijnlijk werd de Ortskommandantur begin 1945 opgeheven in verband met de vestiging van een Wehrmachtskommandantur. in het pand Rapenburg 59. Op nummer 65 bleef een Quartieramt gevestigd. Dat was onder andere belast met de inkwartiering van talloze militairen bij burgers in huis. Maar het bureau regelde ook de inzet van burgers voor graafwerk in de nabije omgeving.
De Wehrmachtkommandant stuurde enige malen een dwingende opdracht aan de burgemeester om bekend te laten maken, dat het verboden was om hout te kappen of struiken te rooien in een bepaalde straal rond militaire objecten en langs wegen en straten. Die beplanting moest enige camouflage bieden tegen het immer aanwezige luchtgevaar.
In de Wehrmachtskommandantur zetelde de Duitse militaire politie, de Feldgendarmerie. Veel meer dan de Sipo/SD was de Feldgendarmerie verantwoordelijk voor de arrestatie van burgers voor gewone overtredingen en misdragingen. Vanaf september 1944 was de Feldgendarmerie de grote opdrachtgever van de Leidse politie en bleef actief tot de vroege ochtend van 5 mei 1945. Toen gaf men de Leidse politie toestemming om de arrestanten van de Feldgendarmerie vrij te laten.
Verder was er het bureau gevestigd van Regierungsinspektor Scherzer, die onder meer belast was met de afhandelingen van de vrijstellingen voor de arbeidsinzet, de zogeheten Liese-Ausweis. Op de Wehrmachtskommandantur kon men proberen een briefje te krijgen die een bescherming moesten bieden tegen de in beslagname van rijwielen door de Wehrmacht.
Momenteel (april 2021) is maar één naam van een Wehrmachtkommandant bekend en wel uit januari 1945: Hautmann Schmidt. Andere namen van Wehrmachtskommandanten zijn nog niet gevonden, maar in verschillende bronnen komen de volgende namen van Ortskommandanten voor:
enkele weken in mei-juni 1940: Hauptmann Ferdinand Bosch;
juli 1941: Oberleutnant Von Fiedler;
december 1941 – april 1942: Maischhofer of Mainzhofer
1942: Münster;
1943: Zöller; Berdelmann;
1944: Berdelmann;
januari 1945: Hauptmann Gotthelf.
